Si en la Isla de San Miguel de La Palma durante el siglo XVI van a sobresalir las fundaciones masculinas (dominicos y franciscanos), en el siglo XVII predominarán las femeninas.
Así, las primeras en establecerse fueron las monjas clarisas, que fundaron su convento en 1601 junto a una ermita dedicada a "la Gloriosa Santa Águeda", entronizada en 1574 como Patrona de Santa Cruz de La Palma y, también a raíz de una sequía, elegida por votación, entre otras advocaciones, como "Abogada de las Mieses".
No se le conoce relación alguna con la agricultura, por lo que se presenta como un interesante caso de advocación cambiada producido por el azar pues, como relata Viera y Clavijo, "echaron suertes y salió por abogada de las mieses la santa mártir".
La importancia de la tierra para la subsistencia explica el sentido trascendente que alcanza esta protectora de la ciudad y de la isla, en definitiva. A la santa se la representa con sus senos colocados sobre un plato aludiendo a su martirio. Es patrona también de las enfermeras, de las desgracias que provienen del fuego, de los volcanes, de enfermedades del pecho, etc. Lamentablemente es una fiesta que ha sido, inexplicablemente, olvidada.
Esta iglesia fue edificada, según un acta de 1607 "con gran fervor con limosnas de los vecinos" y gran apoyo del Cabildo, que había hecho voto solemne de guardar su día y hacer procesión a su ermita. Ya en el acta del Cabildo de 27 de enero de 1581 se dispone que "para el dia de señora Santa Agueda se ruega que todos linpien sus calles y pertenencias y enrramen las calles y los mayordomos de los oficios acudan con los pendones a la prosesion."
Los gastos finales ascendieron a "más de 3.000 ducados". El italiano Torriani había dibujado un plano de la ciudad palmera en 1590 donde ya aparecía la capilla de "Santa Agata protettora della Cittá".
El Cabildo trató de fundar en esta ciudad un Convento de Religiosos, en palabras del Teniente Cervera, "porque con el favor de Dios se espera "redundará" de ello buen fruto ainsí al servicio de Dios como para el consuelo de los vecinos que tuvieren hijas, porque bien es de creer que habiendo Religiosas, por las oraciones y sufragios de sus siervas, hará Dios mucha merced a esta Isla de bienes temporales y espirituales …".
El Cabildo envió esta petición por escrito al Padre Fray Andrés de Medina en Tenerife. La respuesta no se hizo esperar. Así, "los Venerables Vicario y Beneficiados de esta Isla y los caballeros, como Padres de la Patria", confirmen "a dónde y en qué lugar se fundará el dicho convento y de qué advocación y de qué orden y hábito e institución y a qué Prelado han de estar subordinadas…".
Se acordó, como se ha dicho, que el Monasterio se edifique junto a la Iglesia de Santa Águeda, según el acta del Cabildo del 14 de abril de 1597.
Las siete religiosas fundadoras se embarcaron en Garachico, procedentes de La Laguna y con rumbo a la capital palmera. Durante la travesía marítima, una gran tempestad les impidió llegar a "buen puerto", al de Santa Cruz de La Palma.
El barco las dejó en otro lugar lejano de la costa palmera, teniendo que atravesar "malos caminos" hasta que, el 25 de agosto de 1603, llegaron finalmente a la capital e ingresaron en el primer monasterio femenino -el tercero de su orden en Canarias-, que tomó por advocación a la mencionada santa mártir.
En el acta del Cabildo del 28 de julio de 1603 se menciona que "se faculta al Padre Canino para cortar la madera que falta para acabar el Convento".
Viera y Clavijo afirmó en su obra que la comunidad llegó a "ser de más de cuarenta y cinco religiosas, bajo la dirección y obediencia de los padres de San Francisco".
Unas religiosas clarisas que pronto produjeron una gran empatía en la sociedad de la época. "Toda la ciudad" concurría a dicho Convento ya que las monjas "celebraban los divinos oficios con mucha devoción".
Tal fue así que se trató de adecentar los caminos que conducían al monasterio. El Capitán Juan del Valle, Regidor, tomó a su cargo el "aderezar y allanar el camino que va a dicho convento por estar un poco escabroso". Más tarde se confirma en el acta de 8 de junio de 1605 que el camino está muy "limpio, llano y adornado".
El Vicario y el Clero, mancomunadamente, decidieron que "fuesen por allí las procesiones que se hiciesen en la Semana Santa y las demás, en lo cual convinieron… y aderezada la calle y adornada con edificios que se han fecho y hacen cada día." (Acta del Cabildo del 7 de mayo de 1607).
El Beneficio seguía yendo en procesión a cantar la Misa Solemne el día 5 de febrero, onomástica de la Patrona de la ciudad, Santa Águeda, a pesar que el Ayuntamiento había dejado de acudir, "como era costumbre y obligación".
Un dato curioso es que en el año 1866, siendo "Párroco ecónomo el Dr. D. José Ana Jiménez, trató de impedir que las procesiones de Semana Santa fuesen por allí. Los vecinos se quejaron y el Gobernador Eclesiástico dispuso que se siguiese esta costumbre, jamás interrumpida de que dichas procesiones fuesen a aquel Templo".
En el testamento del Capitán Juan del Valle, otorgado ante el escribano Tomás González el 19 de febrero de 1609, existe una cláusula que declara que "el Convento de Monjas de Santa Águeda de esta isla le deben 7.000 reales que les prestó para poder acabar dicho convento y entrar dentro de él. Que posteriormente prestó para el sostenimiento de las monjas 3.730 reales. Que de esto ha recibido algunas cantidades, todas las cuales obran en una cuenta detallada que posee y manda que se cobre el resto a dho. Convento".
Ya en 1616 se les permitió agrandarlo hacia la placeta que existía en un lateral de la iglesia, llamada plazuela de Alarcón. Uno de los ilustres hijos de La Palma que ayudaron a iniciar la fundación del convento y su mejora fue el mencionado Regidor Juan de Valle.
Debido a estas obras, las monjas se trasladaron provisionalmente a una casa particular de la Calle Real, la misma que perteneció posteriormente a don José María Fierro, hoy la sede del Real Club Náutico de la capital palmera. Allí iniciaron la tradición de montar un altar efímero, como descanso para la procesión del Santísimo en la mañana de la Pascua de Resurrección.
Las religiosas "de coro y velo negro" eligieron abadesa a la madre María de San Luis Vandeval Bellido, hija natural del Licenciado Luis Vandeval Bellido, mayordomo del monasterio.
Este recinto sacro alcanzaba su máximo apogeo en lo que a ingresos se refiere, gracias a que cada vez eran más "las señoras del país que con su profesión y las rentas que sus dotes resultaban se fue la casa enriqueciendo…". Según escribe el Obispo de Canarias García Ximénez: "era el mayor, más numeroso y antiguo de los dos conventos de monjas de clausura de la ciudad".
La nobleza de la isla manifestaba abiertamente su preferencia por este convento, donde profesaban aquellas amadas hijas destinadas a la clausura. Es por ello que las grandes familias aportaban grandes sumas de dinero para que la calidad de vida de sus moradoras fueran las idóneas de acuerdo a lo acostumbrado en la estirpe familiar.
Se mejoró y amplió el monasterio, su templo y aledaños, por "ser la yglesia tan corta que se queda la gente de la parte de afuera". Allí vivían sus hijas y familiares, por lo que no se escatimaban las donaciones. También se decidió levantar "diez palmoz en redondo" las paredes de la capilla mayor.
El carpintero Amaro Hernández de León recibió doce mil reales, que compartió con el cantero y albañil Domingo Álvarez. Se nombraron regidores para el seguimiento de la obra a Diego de Guisla y a Nicolás de Sotomayor Topete. Curiosamente también se nombró para el mismo cometido a un monje que pertenecía a una familia de canteros, fray Pedro de Carmona.
Un ejemplo de la generosidad de las acaudaladas familias para con el monasterio, fue el hecho que "madres discretas y de consejo de este dicho convento" contrataron el 26 de julio de 1679 la hechura de un nuevo retablo mayor, ya que el antiguo se encontraba bastante deteriorado, "por no ser decente se haze de nueuo".
María de San Luis, una de las ricas monjas herederas, dio de sus bienes cien ducados, "de los que la religión me a permitido para mis necessidades y e podido ahorrar de ellas".